Chỉ huy phó Ban chỉ huy quân sự cấp xã được hưởng chế độ phụ cấp hàng tháng, đóng và hưởng chế độ BHXH, BHYT theo quy định của pháp luật; trường hợp có thời gian công tác liên tục từ đủ 60 tháng trở lên, nếu nghỉ việc có lý do chính đáng mà chưa đủ điều kiện nghỉ hưu thì được hưởng trợ cấp một lần.
