Sau thời gian thực hiện "bình ổn học phí", năm học này, các trường đại học được phép tăng học phí (theo Nghị định 97 của Chính phủ) nhưng với mức thấp hơn quy định tại Nghị định 81. Theo đó, có thể học phí đại học công lập sẽ tăng bình quân 45,7%. Cao nhất là khối ngành y dược, được dự báo tăng 93%, khối nhân văn và khoa học xã hội dự báo tăng 53%. Nhiều ý kiến cho rằng học phí đại học tăng là tất yếu với các trường đại học công lập đã thực hiện tự chủ.