Để phòng bệnh não mô cầu, người dân thực hiện tốt vệ sinh cá nhân và nơi ở; đeo khẩu trang khi tiếp xúc hoặc chăm sóc người bệnh và dự phòng bằng thuốc, tiêm vaccine phòng bệnh.
Theo Trung tâm Nghiên cứu sản xuất vaccine và sinh phẩm y tế (Bộ Y tế), vào tháng 6/2017, trung tâm sẽ cung cấp khoảng 2,5 triệu liều vaccine sởi - rubella cho Chương trình Tiêm chủng mở rộng để tiêm cho trẻ em, thay thế vaccine nhập khẩu của Ấn Độ đang sử dụng hiện nay.
Do ảnh hưởng nặng nề của căn bệnh rubella, đặc biệt với thai phụ, Bộ Y tế quyết định triển khai chiến dịch tiêm miễn phí vắc xin này trên toàn quốc nhằm tăng miễn dịch cộng đồng, cắt đứt nguồn lây.