Sở GTVT Hòa Bình cho rằng việc các bến thủy trên sông Bôi đến nay chưa được cấp phép là do UBND tỉnh Hòa Bình mới chỉ phê duyệt điều chỉnh cục bộ Quy hoạch phát triển hệ thống cảng, bến thủy nội địa trên địa bàn tỉnh Hòa Bình đến năm 2025, định hướng đến năm 2030. Trong khi, Quy hoạch chung tỉnh Hòa Bình thời kỳ 2021-2030, tầm nhìn đến năm 2050 chưa được hoàn thiện.
Nhiều năm nay, các bến thủy nội địa, bãi tập kết vật liệu, dăm gỗ của người dân được xây dựng trên dòng sông Bôi thuộc địa phận huyện Lạc Thủy hoạt động dù chưa được cấp phép. Thậm chí, quá trình hoạt động còn gây ô nhiễm môi trường, vi phạm hành lang đê điều mà không hề được xử lí dứt điểm.