Năm 2009, huyện Châu Thành chính thức được tách ra từ huyện Mỹ Tú (tỉnh Sóc Trăng). Toàn huyện có 07 xã và 01 thị trấn với 56 ấp trong đó có 3 xã đặc biệt khó khăn là Phú Tân, An Ninh, Hồ Đắc Kiện thụ hưởng Chương trình 135 của Chính phủ giai đoạn II đến 2010) và 10 ấp đặc biệt khó khăn.
