Để phòng bệnh não mô cầu, người dân thực hiện tốt vệ sinh cá nhân và nơi ở; đeo khẩu trang khi tiếp xúc hoặc chăm sóc người bệnh và dự phòng bằng thuốc, tiêm vaccine phòng bệnh.
Tháng 5 đến tháng 8 hàng năm là quãng thời gian cao điểm của bệnh viêm não Nhật Bản. Đây là căn bệnh vô cùng nguy hiểm với trẻ nhỏ, do tỉ lệ tử vong cao và những di chứng nặng nề mà nó có thể mang lại.