Với lợi thế nhiều tuyến kênh rạch, TPHCM từng được kỳ vọng sẽ phát triển mô hình giao thông đường thuỷ với nhiều loại hình như buýt đường sông, phà biển, tàu cao tốc… Tuy nhiên, sau nhiều năm hầu hết các dự án giao thông đường thuỷ ở TPHCM được phát triển nửa vời, không đáp ứng đủ nhu cầu người dân. Thậm chí có dịch vụ giao thông còn có dấu hiệu teo tóp, thu hẹp đáng kể quy mô.