Hệ thống văn bằng giáo dục đại học (GDĐH) là vấn đề được dư luận rất quan tâm. Nghị định 99 quy định đối với một số ngành đào tạo chuyên sâu đặc thù gồm bằng bác sĩ y khoa, bác sĩ nha khoa, bác sĩ y học cổ truyền, bằng dược sĩ, bằng bác sĩ thú y, bằng kỹ sư, bằng kiến trúc sư, và một số văn bằng khác theo quy định riêng của Chính phủ, được cấp cho người tốt nghiệp chương trình đào tạo chuyên sâu theo đặc thù của từng lĩnh vực nghề nghiệp.